Гомофобия: Хотя до 1989 года любые упоминание о гомосексуализме в комиксах были запрещены[2], попытки внести эти проблемы гомосексуалов в повествование ранее 1989 года приняли форму тонких намёков и скрытого подтекста[3]. В 1980-х, во время владении компании Marvel Джимом Шутером, была принята политика «Нет геев во вселенной Marvel»[4] и политика Marvel в 1990-х годах, о том, что все серии комиксов с персонажами-геямами должны нести ярлык «только для взрослых». Однако в 2006 году издатель Джо Кесада заявил, что эта политика больше не соблюдаются[5]. Хотя поцелуи или объятия однополых персонажей были показаны, интимных и тем более сексуальных сцен с гомосексуальными героями не было даже в комиксах Marvel со знаком «для взрослых».[6]. Использование дискриминации мутантов, с которой они сталкиваются в комиксах о Людях Икс рассматривалось как метафора для реальной дискриминации, направленной на группы различных меньшинств меньшинств, включая представителей ЛГБТ[7].
Борьба мутантов за свои права во многом отражает аналогичную борьбу сексуальных меньшинств. Критики сравнивали попытки некоторых мутантов скрыть свои суперспособности от общества и то, что многие гомосексуалисты скрывают свою ориентацию от окружающих[1]. Другие ссылки на гомофобию — это попытки «вылечить» мутантов и заключение их в лагеря. Ещё одна аллюзия, содержится в фильме «Люди Икс 2», где после того как мутант Бобби Дрейк «открылся» своим родителям, его мать спрашивает сына, не пытался ли он «не быть мутантом», ссылаясь на мнение, что ориентация не врождённое свойство человека, а его осознанный выбор. Несколько персонажей «Людей Икс» имели гомосексуальную или бисексуальную ориентацию — Анол, Судьба, Карма, Мистика, Северная звезда, Греймалкин, Риктор, Шаттерстар и Колосс (в Ultimate-версии). В среде мутантов эти персонажи не встретили никакого осуждения, вероятно, это связанно с тем, что мутанты, сами отвергнутые обществом более толерантны к «не таким как все». Одна из ссылок на трансексуалов — это попытки Архангела привязывать свои крылья к спине и прятать их под одеждой[8].